Mutacje Loss-of-Function w APOC3, trójglicerydach i chorobie wieńcowej AD 4

Wszyscy uczestnicy przechodzili ciągły nadzór nad incydentami choroby wieńcowej serca do 31 grudnia 2010 r. Jak opisano w dodatku uzupełniającym, wykorzystaliśmy modele regresji proporcjonalnego hazardu do zbadania zależności poziomów APOC3 w osoczu (logarytmicznie przekształconych w naturalnej skali logarytmicznej) do ryzyko wystąpienia choroby niedokrwiennej serca. Wtórne analizy
U pacjentów z angiograficzną chorobą wieńcową oceniano związek poziomów APOC3 w osoczu z śmiertelnością całkowitą i sercowo-naczyniową. Zbadaliśmy także związek mutacji APOC3 z obecnością tłuszczu wątrobowego w tomografii komputerowej (CT). Szczegóły dotyczące metod przedstawiono w Dodatku Uzupełniającym.
Analiza statystyczna
W przypadku analizy pojedynczego wariantu uznaliśmy za istotną wartość P mniejszą niż 5 × 10-7, ponieważ ten próg odpowiada 95342 wariantom testowanym. W przypadku analizy na poziomie genu uznaliśmy za istotną wartość P mniejszą niż 3 × 10-6, aby uwzględnić 18 666 genów. W analizach skojarzeń z chorobą wieńcową testowaliśmy cztery warianty, a zatem uznaliśmy za istotną wartość P mniejszą niż 0,0125. Analizy asocjacji genetycznej przeprowadzono za pomocą PLINK (http://pngu.mgh.harvard.edu/~purcell/plink),21 SCORE-Seq (http://dlin.web.unc.edu/software/SCORE-Seq ), 22 oprogramowanie SAS, wersja 9.1 lub oprogramowanie R, wersja R = 2.14 (www.r-project.org).
Wyniki
Podstawowa charakterystyka uczestników badania
Spośród 6823 osób, dla których przeprowadzono sekwencjonowanie w ramach projektu NHLBI Exome Sequencing Project, 2861 zostało wykluczonych, ponieważ dane na temat poziomów triglicerydów na czczo nie były dostępne, 149 zostało wykluczonych ze względu na pokrewieństwo, a 79 zostało wykluczonych z powodu odrzucenia próbki podczas procesu kontroli jakości . Wykluczenia te pozostawiły 3734 osób kwalifikujących się do obecnego dochodzenia (podstawowe cechy tych uczestników przedstawiono w tabeli S1 w dodatkowym dodatku). Było 2082 uczestników europejskiego pochodzenia i 1652 afrykańskich przodków.
Sekwencjonowanie Exome
Uzyskaliśmy dane sekwencyjne dla 256,143 eksonów z 18 666 genów. Średnio docelowe bazy odczytywano 89 razy, a 94% docelowych baz obejmowano co najmniej 20 odczytami sekwencyjnymi. Każdy uczestnik miał średnio 46 mutacji powodujących przyrost lub utratę 46 mutacji powodujących przyrost lub utratę kodonu stop, 5712 mutacji błądzenie i 19 mutacji, które zmieniły miejsca składania kanoniczne.
Stowarzyszenie pojedynczych wariantów z trójglicerydami
Zbadaliśmy związek poziomów triglicerydów w osoczu z 95 314 nonsensem, missense lub mutacjami w miejscu splicingu z częstością alleli większą niż 0,1% (ryc.
[patrz też: aparaty USG, USG piersi, ginekologia estetyczna ]

Powiązane tematy z artykułem: aparaty USG ginekologia estetyczna USG piersi